공주 마곡사는 신라시대 창건되었다고 전한다. 그 이후 폐사되었던 것을 고려시대 보조국사가 중창하였으며, 조선시대 들어와 임진왜란 때 다시 폐사되었다. 이후 1651년에 와서 대웅전, 영산전, 대적광전 등이 중건되었다고 한다. 대웅보전은 석가모니불을 중심으로 약사여래불과 아미타불을 모시고 있다. 건물 규모는 1층이 정면 5칸, 측면 4칸이며, 2층은 정면 3칸, 측면 3칸이고, 지붕은 팔작지붕이다. 건물은 다포 양식으로 조선시대 2층 구조의 건물이라는 점에서 중요하다. 건물 내부 천정의 우물반자에 육자진언이 새겨져 있다.